• Portraits de chercheurs Carnot MERS,

François ALLAL, unité MARBEC de l'Ifremer

Publié le 30 avril 2025 Mis à jour le 20 mai 2025
Développer une méthode pour mesurer l’efficacité alimentaire des bars à partir de leur composition isotopique.
François Allal, Chercheur en génétique aquacole, HDR

François Allal, Chercheur en génétique aquacole, HDR


Quel est ton parcours dans la recherche ?

En 2003, je démarre des études d’ingénieur en biotechnologie à l’Université de Montpellier un peu par hasard. J’y apprends la rigueur de paillasse* (qui n’est pas mon fort il faut l’avouer) et y découvre les méthodes d’exploration moléculaires de l’ADN alors en plein essor… J'entrevois à ce moment-là l’excitation de participer à explorer et décrypter le code du vivant.

Après l'obtention de mon diplôme en 2006, je poursuis avec un Master Recherche et me passionne pour la génétique de l’adaptation. Cette passion me conduira à réaliser une thèse soutenue en 2010 sur le Karité, un arbre africain, pour comprendre comment son génome a évolué face aux activités humaines (sélection anthropiques) et aux anciens climats (sélection paléoclimatiques). Entre 2010 et 2013, désireux d’enrichir mes compétences par des expériences terrain, je poursuis mes recherches au Congo et en Amazonie.

C'est en 2013 que je rejoins l’Ifremer comme chercheur en génétique aquacole, au sein de l’unité mixte de recherche MARBEC. En 2022, je soutiens mon HDR (Habilitation à Diriger des Recherches) à l’Université de Montpellier, consolidant mon rôle dans la formation et l’encadrement de jeunes chercheurs, tout en approfondissant mes travaux en génétique aquacole.

Beaucoup de chercheurs que je côtoie avaient un plan de parcours universitaire bien défini… De mon côté, je me suis laissé porter par des désirs parfois irrationnels, quelques intuitions, des opportunités saisies au bon moment… et, surtout, une chance insolente.


* La rigueur de paillasse : désigne le travail précis, méthodique et minutieux que l’on effectue au laboratoire, sur une paillasse (le plan de travail du chercheur). 
 

Sur quel projet de recherche travailles-tu en ce moment ?

Je travaille actuellement sur le projet 'BarIsOTop', qui s’attaque à l’un des principaux défis de l’aquaculture : l’alimentation des poissons. Ce projet vise à développer une méthode rapide et peu coûteuse pour évaluer l’efficacité alimentaire des bars, en analysant leur composition isotopique (signature chimique laissée par leur alimentation dans leurs tissus). L’objectif est de fournir un outil pratique permettant d’identifier les bars les plus performants en conditions d’élevage, ouvrant la voie à des programmes de sélection génétique pour des populations d’élevage plus durables (moins de nourriture gaspillée, moins de rejets dans l'eau, meilleure gestion des ressources...).
 

Quelle en serait l’utilité pour une entreprise du secteur maritime ?

Pour les entreprises qui sélectionnent génétiquement les poissons d’élevage, améliorer l'efficacité alimentaire des poissons est un véritable Graal, car cela permettrait de réduire à la fois les coûts de production et l’impact environnemental des élevages. Pouvoir évaluer les performances individuelles d’efficacité alimentaire des poissons de façon simple et précise pourrait révolutionner les programmes de sélection génétique en rendant la filière aquacole plus compétitive et durable, tout en répondant aux enjeux écologiques actuels.

Que penses-tu de la recherche dite académique au regard des défis auxquels sont confrontés les entreprises ?

Les sélectionneurs aquacoles français font face à une situation difficile, s’adapter aux effets du changement climatique dans un contexte économique hyper concurrentiel, en tenant comptes des contraintes administratives et des exigeantes sociétales croissantes. Dans ce cadre, la recherche en génétique joue un rôle clé en explorant les pistes nouvelles et les hypothèses disruptives d’adaptation des espèces piscicoles. Une fois ces résultats à maturité, leur transfert vers les entreprises est facilité par le SYSAAF (Syndicat des Sélectionneurs Avicole et Aquacole Français), qui agit comme un trait d’union entre les chercheurs et la filière.

 

Pourquoi as-tu choisi de travailler dans la recherche publique ?

Travailler dans la recherche publique/académique me permet de suivre ma passion pour la science tout en bénéficiant d’une liberté intellectuelle unique. Ce cadre me donne la possibilité d’explorer des questions complexes sans la pression d’une rentabilité. C’est aussi un environnement stimulant où je peux échanger avec des experts, confronter mes idées et contribuer à faire avancer la science pour répondre aux défis du monde d’aujourd’hui et de demain.
 

Qu'est-ce qui t'animes dans la recherche ?

Ce qui me fascine dans la recherche, c’est ce mélange entre deux paradoxes :  d’un côté, la patience et la rigueur nécessaires pour valider les hypothèses sur le long terme, et de l’autre, l’effervescence des idées nouvelles qui émergent et se testent dans l'instant. Si les grandes questions fondamentales nourrissent ma curiosité, ce qui m’enthousiasme particulièrement, c’est la dimension concrète et applicative de mes travaux. Pouvoir conjuguer liberté scientifique et rigueur évaluative par mes pairs me motive chaque jour à repousser les limites de mes connaissances.

Quel est l'objet qui définit le mieux qui tu es, ou ton activité ?

Deux images reflètent parfaitement mon activité :
  • Une paire de bottes : indispensable dans mon travail quotidien auprès des poissons, elle symbolise mon attachement aux problématiques concrètes de terrain et mon respect pour ces animaux fascinants.
  • La DlabCHIP : une puce de génotypage haut débit que j’ai conçu en 2016. Elle permet d’analyser simultanément 56 730 marqueurs polymorphes de l’ADN de 384 bars européens. Désormais utilisée en routine par la filière et la recherche académique, cette puce illustre le lien essentiel entre recherche fondamentale et applications concrètes.
 
Logo du projet Barls O Top
Logo du projet BarlsOTop, © Gatien Debailleul



 
Photo de l'équipe MARBEC
Photo d'une partie de l'équipe du projet BarlsOTop , de gauche à droite : Núria Sánchez Baizán (postdoctorante, Ifremer), Maeva Leitwein (postdoctorante, CNRS), François Allal (chercheur, Ifremer), Gatien Débailleul (stagiaire ingénieur agronome, Ifremer), Marc Vandeputte (ingénieur de recherche, INRAE), Alain Vergnet (ingénieur, Ifremer), Emilie Delpuech (postodctorante, INRAE), Damien Crestel (doctorant, INRAE), Frédéric Clota (ingénieur d’étude, INRAE).

 

Publié le 30 avril 2025 Mis à jour le 20 mai 2025